イギリスのダーリング家には、ウェンディ、ジョン、マイケルの三人のきょうだいがいました。
ダーリング夫人は、ウェンディが時々ピーターという子の話をするのを不思議に思っていました。ある日子ども部屋で縫い物をしていた夫人がうとうとしていると、窓に枯れ葉の服を着た不思議な男の子が妖精と一緒に部屋を飛び回るのに気づきました。
夫人が悲鳴を上げると犬のナナがピーターにとびかかり、男の子は窓から逃げていきました。ナナがその子の影をくわえていたので、夫人はそれを引き出しにしまいました。
ダーリング夫妻が出かけた夜、ピーターはティンカーベルと一緒にやってきて影を探し出し、ウェンディをネバーランドに招待します。
ウェンディは眠っていた弟たちを起こし、三人で窓から飛び立ちます。
何日も飛び続けネバーランドに着くと、ピーターは6人の迷子たちにお母さんを連れてきた、とウェンディを紹介します。
ネバーランドでは迷子たち、海賊、先住民族、ワニたちがそれぞれ争っていました。ある時海賊に殺されそうになっていたピカニニ族の娘、タイガー・リリーを助けたことからピーターとリリーは友人になります。
ある日、迷子たちにイギリスのダーリング夫妻のお話をしていると、ジョンとマイケルが家に帰りたいと言いだしました。ウェンディは迷子たちも一緒に来るように言い、ピーターも誘いますがピーターは断ります。
ピーターを恨む海賊のフック船長は、ピカニニ族とティンカーベルを利用してウェンディと迷子たちを捕らえ、ジョリー・ロジャー号へ連れて行きました。
しかしピーターはジョリー・ロジャー号でフック船長と一騎打ちをし勝利します。
ピーターを残し子どもたちはイギリスへ帰って行きました。
イギリスへ帰った3人を見てダーリング夫妻は喜び、迷子の6人も養子となりました。
大人になったウェンディが子ども部屋で縫い物をしていると、窓にピーターがやってきて、大人になったウェンディを見て泣き出します。すると鳴き声で目を覚ましたウェンディの子、ジェーンがやってきます。ジェーンはピーターと一緒にネバーランドへ旅立つのでした。
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